最优搜索机制下寻找最优插入-删除种子

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最优搜索机制下寻找最优插入-删除种子

陈科, 朱清新, 杨曦

文章导航 > 电子科技大学学报 > 2011 > 40(2): 292-295

陈科, 朱清新, 杨曦. 最优搜索机制下寻找最优插入-删除种子[J]. 电子科技大学学报, 2011, 40(2): 292-295. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2011.02.027

引用本文:

陈科, 朱清新, 杨曦. 最优搜索机制下寻找最优插入-删除种子[J]. 电子科技大学学报, 2011, 40(2): 292-295. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2011.02.027

CHEN Ke, ZHU Qing-xin, YANG Xi. Finding Optimal Indel Seeds under Optimal Search Mechanism[J]. Journal of University of Electronic Science and Technology of China, 2011, 40(2): 292-295. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2011.02.027

Citation:

CHEN Ke, ZHU Qing-xin, YANG Xi. Finding Optimal Indel Seeds under Optimal Search Mechanism[J]. Journal of University of Electronic Science and Technology of China, 2011, 40(2): 292-295. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2011.02.027

最优搜索机制下寻找最优插入-删除种子

doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2011.02.027

1.
电子科技大学计算机科学与工程学院成都 610054;
2.
成都华西中学成都 610051

基金项目:

国家自然科学基金(60671033)

作者简介:
陈科(1981-),男,博士生,主要从事计算机应用方面的研究.

中图分类号: TP301

Finding Optimal Indel Seeds under Optimal Search Mechanism

1.
School of Computer Science and Engineering,University of Electronic Science and Technology of China Chengdu 610054;
2.
Chengdu Huaxi Middle School Chengdu 610051

摘要: 空位种子极大地提高了生物分子序列比对的灵敏度，但不适合大量存在插入和删除字符的序列。在空位种子的基础上，提出了带插入-删除的生物序列比对种子，进一步提高了生物序列比对的效率。实验表明，采用最优搜索算法可以有效地在给定约束条件下寻找到最优的插入-删除种子，并且插入-删除种子比同长度的最优空位种子具有更高的生物序列比对敏感度。
- 插入-删除种子 /
- 生物分子序列比对 /
- 最优系统 /
- 空位种子
Abstract: Spaced seeds greatly improve the sensitivity of bio-sequences alignment, but they are not applicable for the sequences containing many insertions and deletions．Based on spaced seeds, we propose seeds with insertions and deletions (Indel seeds), which improves the sequences alignment sensitivity more. Experiments show that adopting optimal search algorithm can find optimal indel seeds under given constraints, further more, indel seeds have higher bio-sequences alignment sensitivity than that of spaced seeds.
- indel seed /
- molecular alignment /
- optimal systems /
- spased seed

[1]	刘勇国, 高攀, 兰荻, 朱嘉静. ECA-SKNet：玉米单倍体种子的卷积神经网络识别模型 . 电子科技大学学报, 2023, 52(6): 866-871. doi: 10.12178/1001-0548.2022361
[2]	陈俊涛, 邹权. 基于Profile比对的改进星比对算法 . 电子科技大学学报, 2022, 51(3): 353-356. doi: 10.12178/1001-0548.2021406
[3]	谭露露, 张鑫鑫, 周银座. 多特性融合图卷积方法的分子生物活性预测 . 电子科技大学学报, 2021, 50(6): 921-929. doi: 10.12178/1001-0548.2021158
[4]	杨旺功, 淮永建, 张福泉. 基于Gabor及深度神经网络的葡萄种子分类 . 电子科技大学学报, 2020, 49(1): 131-138. doi: 10.12178/1001-0548.2019164
[5]	包斯琴高娃, 马占新, 丁昌江. 电场对种子影响的时效性分析方法及应用 . 电子科技大学学报, 2016, 45(5): 865-872. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2016.05.026
[6]	庄柳静, 郭添添, 胡宁, 许科帝, 郑筱祥, 王平. 高灵敏和高特异性生物嗅觉传感系统研究 . 电子科技大学学报, 2014, 43(6): 939-942. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2014.06.025
[7]	王浩, 张晓, 孙龙, 王平. 基于随机密钥种子预配置的传感网密钥管理方案 . 电子科技大学学报, 2013, 42(1): 149-153. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2013.01.030
[8]	侯卫民, 苏佳, 王静. 多用户MISO系统中的最优机会多波束技术 . 电子科技大学学报, 2012, 41(3): 355-358. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2012.03.005
[9]	闫维新, 马文涛, 付庄, 赵言正, 周晓燕. 烹饪机器人翻锅运动最优化设计 . 电子科技大学学报, 2011, 40(3): 476-480. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2011.03.029
[10]	窦丽华, 董领逊, 张娟, 冯贺平. 含间隙系统的约束时间最优预测控制 . 电子科技大学学报, 2009, 38(6): 962-966. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2009.06.014
[11]	曹蕾, 张欣, 杨大成. 频域均衡联合干扰删除的频域实现方法 . 电子科技大学学报, 2008, 37(6): 818-822.
[12]	洪洁, 范修斌, 方刚, 路晓峰. 布尔函数最优连续化 . 电子科技大学学报, 2004, 33(5): 621-622,626.
[13]	张爱国. 加速变质库存系统的最优存贮策略 . 电子科技大学学报, 2003, 32(6): 706-710.
[14]	杨伟, 黎青松. 网络零售配送系统最优运作成本的分析 . 电子科技大学学报, 2002, 31(6): 619-623.
[15]	廖小丽. 毫米波生物效应的水分子谐振机理 . 电子科技大学学报, 2002, 31(1): 80-83.
[16]	饶妮妮. 一种适于作A-CDMA系统扩频码的混沌序列 . 电子科技大学学报, 2000, 29(5): 465-468.
[17]	李克克, 李绍才. 最优非线性定价 . 电子科技大学学报, 1999, 28(6): 629-631.
[18]	徐朴, 林昌禄. 最优极化分析理论基础 . 电子科技大学学报, 1998, 27(4): 390-393.
[19]	王光泰, 周先敏, 徐继麟. 多传感器信息最优融合 . 电子科技大学学报, 1997, 26(5): 465-467.
[20]	李仲令, 王晓蕾. 序列相关特性与CDMA系统的多址干扰 . 电子科技大学学报, 1997, 26(2): 132-136.

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最优搜索机制下寻找最优插入-删除种子

doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2011.02.027

1. 电子科技大学计算机科学与工程学院成都 610054;

2. 成都华西中学成都 610051

基金项目:

国家自然科学基金(60671033)

作者简介:
陈科(1981-),男,博士生,主要从事计算机应用方面的研究.

收稿日期: 2009-06-25
修回日期: 2009-11-02
刊出日期: 2011-04-15

中图分类号: TP301

关键词:

摘要: 空位种子极大地提高了生物分子序列比对的灵敏度，但不适合大量存在插入和删除字符的序列。在空位种子的基础上，提出了带插入-删除的生物序列比对种子，进一步提高了生物序列比对的效率。实验表明，采用最优搜索算法可以有效地在给定约束条件下寻找到最优的插入-删除种子，并且插入-删除种子比同长度的最优空位种子具有更高的生物序列比对敏感度。

English Abstract

陈科, 朱清新, 杨曦. 最优搜索机制下寻找最优插入-删除种子[J]. 电子科技大学学报, 2011, 40(2): 292-295. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2011.02.027

引用本文:

陈科, 朱清新, 杨曦. 最优搜索机制下寻找最优插入-删除种子[J]. 电子科技大学学报, 2011, 40(2): 292-295. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2011.02.027

CHEN Ke, ZHU Qing-xin, YANG Xi. Finding Optimal Indel Seeds under Optimal Search Mechanism[J]. Journal of University of Electronic Science and Technology of China, 2011, 40(2): 292-295. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2011.02.027

Citation:

CHEN Ke, ZHU Qing-xin, YANG Xi. Finding Optimal Indel Seeds under Optimal Search Mechanism[J]. Journal of University of Electronic Science and Technology of China, 2011, 40(2): 292-295. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2011.02.027

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