丹参SAMDC基因的电子克隆及序列分析

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丹参SAMDC基因的电子克隆及序列分析

邓科君, 杜梅泽, 卢戟, 任正隆

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邓科君, 杜梅泽, 卢戟, 任正隆. 丹参SAMDC基因的电子克隆及序列分析[J]. 电子科技大学学报, 2012, 41(5): 796-800. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2012.05.029

引用本文:

邓科君, 杜梅泽, 卢戟, 任正隆. 丹参SAMDC基因的电子克隆及序列分析[J]. 电子科技大学学报, 2012, 41(5): 796-800. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2012.05.029

DENG Ke-jun, DU Mei-ze, LU Ji, REN Zheng-long. In Silico Cloning and Characterization of the SAMDC Gene in Salvia Miltiorrhiza Bge[J]. Journal of University of Electronic Science and Technology of China, 2012, 41(5): 796-800. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2012.05.029

Citation:

DENG Ke-jun, DU Mei-ze, LU Ji, REN Zheng-long. In Silico Cloning and Characterization of the SAMDC Gene in Salvia Miltiorrhiza Bge[J]. Journal of University of Electronic Science and Technology of China, 2012, 41(5): 796-800. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2012.05.029

丹参SAMDC基因的电子克隆及序列分析

doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2012.05.029

1.
电子科技大学生命科学与技术学院成都 610054;
2.
四川省农业厅园艺作物技术推广站成都 610041

基金项目:

国家自然科学基金(30730065)

作者简介:
邓科君(1977-),女,博士,主要从事药用植物分子生物方面的研究.

中图分类号: Q94

In Silico Cloning and Characterization of the SAMDC Gene in Salvia Miltiorrhiza Bge

1.
School of Life Sciences and Technology,University of Electronic Science and Technology of China Chendu 610054;
2.
Sichuan Provincial Department of Agriculture Horticultural Crops Extension Center Chendu 610041

摘要: 基于丹参EST数据库,以烟草S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶基因(SAMDC)cDNA序列为信息探针,进行同源搜索,经同源比对和序列组装,分离得到1个新的植物SAMDC基因家族成员,命名为SmSAMDC,全长1620bp,经RT-PCR扩增,分子克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆完全一致。该cDNA序列具有完整的开放阅读框架,存在3个植物SAMDC基因特征ORF(tiny ORF、small ORF及main ORF);main ORF编码蛋白质理论分子量为39.4kD、pI为4.71,均与植物SAMDC酶原蛋白相近。二级结构预测发现,SmSAMDC基因main ORF编码序列中25.28%的氨基酸残基构成α螺旋、24.17%的氨基酸残基构成延伸链、50.56%的氨基酸残基构成随机卷曲。氨基酸序列比对分析结果表明,SmSAMDC与已知植物SAMDC基因家族成员高度同源,具有植物SAMDC基因家族的酶原剪切位点及SAMDC蛋白快速降解相关PEST保守结构域。
- 电子克隆 /
- 多胺 /
- S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶 /
- 丹参
Abstract: S-adenosyl-methionine decarboxylase (SAMDC) is one of the key regulatory enzymes in the biosynthesis of polyamines. In this paper, using bioinformatics strategy and validating by experiment, a novel SAMDC of Salvia miltiorrhiza Bge was cloned and identified which was being blasted by search of Salvia miltiorrhiza expressed sequencetags (EST) database with homologous gene cDNA of Nicotiana tabacum. This sequence was confirmed by RT- PCR, molecular cloning and sequencing. Sequence analysis showed that the Salvia miltiorrhiza SAMDC (SmSAMDC) consisted of three open reading frames (ORFs) (tiny ORF, small ORF and main ORF), and the main ORF encoded 360 amino acids with a calculated molecular weight of 39.4 kD and isoelectric point of 4.71. Tertiary structure predicted that 25.28%, 24.17% and 50.56% amino acids composed a helix,extending strand and random coil, respectively. Alignments of deduced amino acid sequences demonstrated that the SmSAMDC had several highly conserved motifs in plant SAMDC family, including a putative pro-enzyme cleavage site a PEST sequence.
- in silico cloning /
- polyamine /
- S-adenosylmethionine decarboxylase /
- Salvia miltiorrhi

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丹参SAMDC基因的电子克隆及序列分析

doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2012.05.029

1. 电子科技大学生命科学与技术学院成都 610054;

2. 四川省农业厅园艺作物技术推广站成都 610041

基金项目:

国家自然科学基金(30730065)

作者简介:
邓科君(1977-),女,博士,主要从事药用植物分子生物方面的研究.

收稿日期: 2011-03-30
修回日期: 2011-09-21
刊出日期: 2012-10-15

中图分类号: Q94

关键词:

摘要: 基于丹参EST数据库,以烟草S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶基因(SAMDC)cDNA序列为信息探针,进行同源搜索,经同源比对和序列组装,分离得到1个新的植物SAMDC基因家族成员,命名为SmSAMDC,全长1620bp,经RT-PCR扩增,分子克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆完全一致。该cDNA序列具有完整的开放阅读框架,存在3个植物SAMDC基因特征ORF(tiny ORF、small ORF及main ORF);main ORF编码蛋白质理论分子量为39.4kD、pI为4.71,均与植物SAMDC酶原蛋白相近。二级结构预测发现,SmSAMDC基因main ORF编码序列中25.28%的氨基酸残基构成α螺旋、24.17%的氨基酸残基构成延伸链、50.56%的氨基酸残基构成随机卷曲。氨基酸序列比对分析结果表明,SmSAMDC与已知植物SAMDC基因家族成员高度同源,具有植物SAMDC基因家族的酶原剪切位点及SAMDC蛋白快速降解相关PEST保守结构域。

English Abstract

邓科君, 杜梅泽, 卢戟, 任正隆. 丹参SAMDC基因的电子克隆及序列分析[J]. 电子科技大学学报, 2012, 41(5): 796-800. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2012.05.029

引用本文:

邓科君, 杜梅泽, 卢戟, 任正隆. 丹参SAMDC基因的电子克隆及序列分析[J]. 电子科技大学学报, 2012, 41(5): 796-800. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2012.05.029

DENG Ke-jun, DU Mei-ze, LU Ji, REN Zheng-long. In Silico Cloning and Characterization of the SAMDC Gene in Salvia Miltiorrhiza Bge[J]. Journal of University of Electronic Science and Technology of China, 2012, 41(5): 796-800. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2012.05.029

Citation:

DENG Ke-jun, DU Mei-ze, LU Ji, REN Zheng-long. In Silico Cloning and Characterization of the SAMDC Gene in Salvia Miltiorrhiza Bge[J]. Journal of University of Electronic Science and Technology of China, 2012, 41(5): 796-800. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2012.05.029

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