基于满足性判定的布尔网络环求解算法

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基于满足性判定的布尔网络环求解算法

郭文生, 杨国武, 李晓瑜, 高敏

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郭文生, 杨国武, 李晓瑜, 高敏. 基于满足性判定的布尔网络环求解算法[J]. 电子科技大学学报, 2015, 44(6): 881-886. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.06.015

引用本文:

郭文生, 杨国武, 李晓瑜, 高敏. 基于满足性判定的布尔网络环求解算法[J]. 电子科技大学学报, 2015, 44(6): 881-886. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.06.015

GUO Wen-sheng, YANG Guo-wu, LI Xiao-yu, GAO Min. SAT-Based Algorithm for Finding Cycles in a Boolean Network[J]. Journal of University of Electronic Science and Technology of China, 2015, 44(6): 881-886. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.06.015

Citation:

GUO Wen-sheng, YANG Guo-wu, LI Xiao-yu, GAO Min. SAT-Based Algorithm for Finding Cycles in a Boolean Network[J]. Journal of University of Electronic Science and Technology of China, 2015, 44(6): 881-886. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.06.015

基于满足性判定的布尔网络环求解算法

doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.06.015

中图分类号: TP301.6

SAT-Based Algorithm for Finding Cycles in a Boolean Network

摘要: 环是布尔网络状态转换过程中的稳定态,在模式检测、基因调控网络和可达性分析等领域都有重要的意义。计算布尔网络状态转换中的所有环是一个NP完全问题。该文基于全解布尔满足性判定(SAT)算法,设计了一种求解所有小于等于指定步长环的算法。算法基于布尔网络的状态转换函数和状态环属性生成合取范式形式(CNF)的问题集,通过融合冲突子句学习(CDCL)、非时序回退、阻塞子句和变量分类等技术,降低算法的计算复杂度。实验结果表明,该算法能够高效地计算指定步长的环。对于无法计算所有环的复杂网络,指定步长计算环的方式将更有应用价值。
- 布尔网络 /
- 环 /
- 满足性判定 /
- 阻塞子句

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基于满足性判定的布尔网络环求解算法

doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.06.015

刊出日期: 2015-12-15

中图分类号: TP301.6

关键词:

摘要: 环是布尔网络状态转换过程中的稳定态,在模式检测、基因调控网络和可达性分析等领域都有重要的意义。计算布尔网络状态转换中的所有环是一个NP完全问题。该文基于全解布尔满足性判定(SAT)算法,设计了一种求解所有小于等于指定步长环的算法。算法基于布尔网络的状态转换函数和状态环属性生成合取范式形式(CNF)的问题集,通过融合冲突子句学习(CDCL)、非时序回退、阻塞子句和变量分类等技术,降低算法的计算复杂度。实验结果表明,该算法能够高效地计算指定步长的环。对于无法计算所有环的复杂网络,指定步长计算环的方式将更有应用价值。

English Abstract

郭文生, 杨国武, 李晓瑜, 高敏. 基于满足性判定的布尔网络环求解算法[J]. 电子科技大学学报, 2015, 44(6): 881-886. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.06.015

引用本文:

郭文生, 杨国武, 李晓瑜, 高敏. 基于满足性判定的布尔网络环求解算法[J]. 电子科技大学学报, 2015, 44(6): 881-886. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.06.015

GUO Wen-sheng, YANG Guo-wu, LI Xiao-yu, GAO Min. SAT-Based Algorithm for Finding Cycles in a Boolean Network[J]. Journal of University of Electronic Science and Technology of China, 2015, 44(6): 881-886. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.06.015

Citation:

GUO Wen-sheng, YANG Guo-wu, LI Xiao-yu, GAO Min. SAT-Based Algorithm for Finding Cycles in a Boolean Network[J]. Journal of University of Electronic Science and Technology of China, 2015, 44(6): 881-886. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.06.015

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