细菌σ<sup>54</sup>启动子序列分析与预测

丁辉; 邓恩泽; 陈伟; 林昊

doi:10.3969/j.issn.1001-0548.2015.01.025

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细菌σ⁵⁴启动子序列分析与预测

丁辉, 邓恩泽, 陈伟, 林昊

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丁辉, 邓恩泽, 陈伟, 林昊. 细菌σ54启动子序列分析与预测[J]. 电子科技大学学报, 2015, 44(1): 147-149. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.01.025

引用本文:

丁辉, 邓恩泽, 陈伟, 林昊. 细菌σ⁵⁴启动子序列分析与预测[J]. 电子科技大学学报, 2015, 44(1): 147-149. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.01.025

DING Hui, DENG En-ze, CHEN Wei, LIN Hao. The Sequence Analysis and Prediction of σ54 Promoter in Bacteria[J]. Journal of University of Electronic Science and Technology of China, 2015, 44(1): 147-149. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.01.025

Citation:

DING Hui, DENG En-ze, CHEN Wei, LIN Hao. The Sequence Analysis and Prediction of σ⁵⁴ Promoter in Bacteria[J]. Journal of University of Electronic Science and Technology of China, 2015, 44(1): 147-149. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.01.025

细菌σ⁵⁴启动子序列分析与预测

doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.01.025

1.
电子科技大学生物信息学中心成都 610054;
2.
河北联合大学基因组学与计算生物学中心河北唐山 063000

基金项目:

国家自然科学基金(61202256,61301260,61100092);中央高校基本科研业务费(ZYGX2012J113,ZYGX2013J102)

详细信息

作者简介:
丁辉(1979-),女,副教授,主要从事系统生物学方面的研究.

中图分类号: Q61

The Sequence Analysis and Prediction of σ⁵⁴ Promoter in Bacteria

1.
Center of Bioinformatics,University of Electronic Science and Technology of China Chengdu 610054;
2.
Center for Genomics and Computational Biology,Hebei United University Tangshan Hebei 063000

摘要: 对实验确定的168条σ54启动子序列进行保守性分析,获得两个保守的区域-24区域和-12区域,均为最保守的功能元件。选取保守性最大的17个保守位点的三联体频数作为参数,引入伪计数构建位置权重矩阵,对168条σ54启动子进行预测,分别从编码区和汇聚非编码区共选取168条序列组成阴性集。使用Jackknife交叉验证法对模型进行检验,整体准确度达到82.0%,为σ54启动子的理论和实验研究提供新信息。
- 细菌 /
- 保守性 /
- 位置权重矩阵 /
- 启动子
Abstract: By analyzing the 168 experimental-confirmed σ54 promoter sequences, two conservative regions that are -24 and -12 regions are obtained. The trimer frequency at 17 positions in these conservative regions is selected as inputting parameter. By adding pseudo-count into position weight matrix, the σ54 promoter can be predicted. The 168 negative sequences are extracted from coding regions and convergent intergenic regions. In Jackknife cross-validation, the overall accuracy reaches to 82.0%, suggesting that the model can be further used in the theoretical and experimental study of σ54 promoter.
- bacteria /
- conservative /
- position weight matrix /
- promoter

[1]	叶远浓, 梁定发, 曾柱. DBEncRNA：细菌必需非编码RNA数据库 . 电子科技大学学报, 2022, 51(3): 348-352. doi: 10.12178/1001-0548.2021389
[2]	赵娜, 柴焰明, 尹春林, 杨政, 王剑, 苏适. 基于最大连通子图相对效能的相依网络鲁棒性分析 . 电子科技大学学报, 2021, 50(4): 627-633. doi: 10.12178/1001-0548.2020440
[3]	苏伟, 孙自杰, 岳鹏, 林昊. 利用计算生物学方法识别原核启动子的研究进展 . 电子科技大学学报, 2021, 50(5): 667-675. doi: 10.12178/1001-0548.2021201
[4]	杨骁, 李靖坤, 徐锦里, 陈国晏, 娄付军, 李浩. DC-DC转换器高集成度片上软启动电路 . 电子科技大学学报, 2018, 47(1): 30-36. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2018.01.005
[5]	王智文, 蒋联源, 王宇航, 欧阳浩, 张灿龙, 黄镇谨, 王鹏涛. 基于动作子空间和权重条件随机场的行为识别王智文 . 电子科技大学学报, 2017, 46(2): 412-418. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2017.02.016
[6]	杨霞, 雷林, 吴新勇, 吴开均, 桑楠. 采用数字签名技术的可信启动方法研究 . 电子科技大学学报, 2016, 45(3): 448-452. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2016.02.023
[7]	刘永广. DTN基于位置的RAPID路由算法 . 电子科技大学学报, 2015, 44(6): 840-844. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.06.008
[8]	敖永才, 师奕兵, 张伟, 李焱骏. 自适应惯性权重的改进粒子群算法 . 电子科技大学学报, 2014, 43(6): 874-880. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2014.06.014
[9]	徐常伟, 朱峰, 刘丽娜, 牛大鹏. 二维介质散射的T矩阵方法与解析解的一致性分析 . 电子科技大学学报, 2013, 42(1): 41-43,86. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2013.01.010
[10]	詹世涛, 闫维新, 付庄, 于锦江, 赵言正. 二轴框架镇定回路的保守稳定性设计研究 . 电子科技大学学报, 2013, 42(6): 939-943. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2013.06.025
[11]	王聪, 张凤荔, 刘梦娟, 王勇. IP网络坐标抖动感知与慢启动抑制 . 电子科技大学学报, 2012, 41(6): 921-926. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2012.06.020
[12]	陆尧胜, 林启涛, 沈以鸿. 胎头位置和宫颈扩张监测方法的研究 . 电子科技大学学报, 2010, 39(1): 152-156. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2010.01.035
[13]	陈宇波, 许海柱, 黄婷婷, 朱建军. 在人脸图像中确定嘴巴位置的方法 . 电子科技大学学报, 2007, 36(6): 1308-1310.
[14]	庄万玉, 凌丹, 赵瑾, 闫贵佳. 关于敏捷性评价指标权重的研究 . 电子科技大学学报, 2006, 35(6): 985-988.
[15]	邓生华. 矩阵代数的态空间 . 电子科技大学学报, 2003, 32(6): 775-778.
[16]	王广彬, 黄廷祝. 局部双α对角占优矩阵 . 电子科技大学学报, 2001, 30(2): 199-202.
[17]	王广彬, 黄廷祝. 逆H矩阵的性质 . 电子科技大学学报, 2001, 30(2): 192-194.
[18]	杨秀文, 严尚安, 张洁, 曾顺鹏. 可达矩阵的新求法 . 电子科技大学学报, 2000, 29(6): 666-668.
[19]	张淼, 邱昆, 邱琪, 宋玉娥. 脉冲位置调制的字同步技术 . 电子科技大学学报, 2000, 29(4): 381-383.
[20]	黄廷祝, 蒲和平. (块) H矩阵与亚正定矩阵 . 电子科技大学学报, 1998, 27(2): 216-218.

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细菌σ⁵⁴启动子序列分析与预测

doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.01.025

1. 电子科技大学生物信息学中心成都 610054;

2. 河北联合大学基因组学与计算生物学中心河北唐山 063000

基金项目:

国家自然科学基金(61202256,61301260,61100092);中央高校基本科研业务费(ZYGX2012J113,ZYGX2013J102)

作者简介:
丁辉(1979-),女,副教授,主要从事系统生物学方面的研究.

收稿日期: 2013-11-23
修回日期: 2014-12-19
刊出日期: 2015-02-15

中图分类号: Q61

关键词:

摘要: 对实验确定的168条σ54启动子序列进行保守性分析,获得两个保守的区域-24区域和-12区域,均为最保守的功能元件。选取保守性最大的17个保守位点的三联体频数作为参数,引入伪计数构建位置权重矩阵,对168条σ54启动子进行预测,分别从编码区和汇聚非编码区共选取168条序列组成阴性集。使用Jackknife交叉验证法对模型进行检验,整体准确度达到82.0%,为σ54启动子的理论和实验研究提供新信息。

English Abstract

丁辉, 邓恩泽, 陈伟, 林昊. 细菌σ54启动子序列分析与预测[J]. 电子科技大学学报, 2015, 44(1): 147-149. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.01.025

引用本文:

丁辉, 邓恩泽, 陈伟, 林昊. 细菌σ⁵⁴启动子序列分析与预测[J]. 电子科技大学学报, 2015, 44(1): 147-149. doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.01.025

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作者简介:
丁辉(1979-),女,副教授,主要从事系统生物学方面的研究.

The Sequence Analysis and Prediction of σ⁵⁴ Promoter in Bacteria

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doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.01.025

1. 电子科技大学生物信息学中心成都 610054;

2. 河北联合大学基因组学与计算生物学中心河北唐山 063000

作者简介:
丁辉(1979-),女,副教授,主要从事系统生物学方面的研究.

English Abstract

The Sequence Analysis and Prediction of σ⁵⁴ Promoter in Bacteria

1. Center of Bioinformatics,University of Electronic Science and Technology of China Chengdu 610054;

2. Center for Genomics and Computational Biology,Hebei United University Tangshan Hebei 063000

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作者简介: 丁辉(1979-),女,副教授,主要从事系统生物学方面的研究.

The Sequence Analysis and Prediction of σ54 Promoter in Bacteria

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细菌σ54启动子序列分析与预测

doi: 10.3969/j.issn.1001-0548.2015.01.025

1. 电子科技大学生物信息学中心 成都 610054; 2. 河北联合大学基因组学与计算生物学中心 河北 唐山 063000

作者简介: 丁辉(1979-),女,副教授,主要从事系统生物学方面的研究.

English Abstract

The Sequence Analysis and Prediction of σ54 Promoter in Bacteria

1. Center of Bioinformatics,University of Electronic Science and Technology of China Chengdu 610054; 2. Center for Genomics and Computational Biology,Hebei United University Tangshan Hebei 063000

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作者简介:
丁辉(1979-),女,副教授,主要从事系统生物学方面的研究.

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1. 电子科技大学生物信息学中心成都 610054;

2. 河北联合大学基因组学与计算生物学中心河北唐山 063000

作者简介:
丁辉(1979-),女,副教授,主要从事系统生物学方面的研究.

The Sequence Analysis and Prediction of σ⁵⁴ Promoter in Bacteria

1. Center of Bioinformatics,University of Electronic Science and Technology of China Chengdu 610054;

2. Center for Genomics and Computational Biology,Hebei United University Tangshan Hebei 063000