细菌σ<sup>54</sup>启动子序列分析与预测

细菌σ⁵⁴启动子序列分析与预测

基金项目:

国家自然科学基金(61202256,61301260,61100092);中央高校基本科研业务费(ZYGX2012J113,ZYGX2013J102)

详细信息

1.
Center of Bioinformatics,University of Electronic Science and Technology of China Chengdu 610054;
2.
Center for Genomics and Computational Biology,Hebei United University Tangshan Hebei 063000

摘要: 对实验确定的168条σ54启动子序列进行保守性分析,获得两个保守的区域-24区域和-12区域,均为最保守的功能元件。选取保守性最大的17个保守位点的三联体频数作为参数,引入伪计数构建位置权重矩阵,对168条σ54启动子进行预测,分别从编码区和汇聚非编码区共选取168条序列组成阴性集。使用Jackknife交叉验证法对模型进行检验,整体准确度达到82.0%,为σ54启动子的理论和实验研究提供新信息。
- 细菌 /
- 保守性 /
- 位置权重矩阵 /
- 启动子
Abstract: By analyzing the 168 experimental-confirmed σ54 promoter sequences, two conservative regions that are -24 and -12 regions are obtained. The trimer frequency at 17 positions in these conservative regions is selected as inputting parameter. By adding pseudo-count into position weight matrix, the σ54 promoter can be predicted. The 168 negative sequences are extracted from coding regions and convergent intergenic regions. In Jackknife cross-validation, the overall accuracy reaches to 82.0%, suggesting that the model can be further used in the theoretical and experimental study of σ54 promoter.
- bacteria /
- conservative /
- position weight matrix /
- promoter

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2.	苏伟，孙自杰，岳鹏，林昊. 利用计算生物学方法识别原核启动子的研究进展. 电子科技大学学报. 2021(05): 667-675+657 . 本站查看
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